Bei der Analfissur kommt es zu einem Einriss der empfindlichen Afterhaut im Analkanal. Er ist bei der Stuhlentleerung (= Defäkation) sehr schmerzhaft. Die Fissur, also der Riss, kann akut sein, d.h. erst frisch aufgetreten, z.B. durch festen Stuhlgang oder äußere Manipulation. Dieser Einriss macht starke Schmerzen bei und nach der Stuhlentleerung. Es kann zu streifenförmigen Blutablagerungen auf der Stuhlsäule kommen, teilweise kann auch eine tropfende Blutung auftreten. Der Afterriss ist meist zum Steißbein hin gelegen. Aufgrund der starken Schmerzsymptomatik kommt es in der Folge zu einer Verkrampfung des Schließmuskelapparates. Damit wird die Durchblutung der Afterhaut gedrosselt und der Riss kann schlecht abheilen und sich nach mehreren Wochen bzw. Monaten ohne gezielte Behandlung zu einer chronischen Analfissur entwickeln. 

Der frische Einriss, also die akute Form, wird immer konservativ behandelt. Das heißt mit speziellen proktologischen Salben, welche muskelentspannende und schmerzlindernde Wirkung haben, und durch Stuhlregulierung mittels Quellstoffen (z.B. indische Flohsamenschalen) damit es nicht zu wiederholter Traumatisierung der Wunde durch zu harten Stuhl kommt. Die Mehrzahl der akuten Analfissuren kommen so sehr gut zur Ausheilung. 

Heilt der Riss nach ca. 3-6 Monaten nicht aus spricht man von einer chronischen Analfissur mit weiteren Veränderungen, welche die Abheilung zusätzlich behindern (intersphinktäre Analfistel=chronischer Entzündungsprozess/Vorpostenfalte=Narbenhaut) und die Feinabdichtung verschlechtern (hypertrophe Analpapillen). Häufig besteht hier ein chronischer analer Schmerz, häufige Blutung sowie Nässen und Stuhlnachschmieren. Hier ist ein operativer Eingriff notwendig, häufig als ambulante Operation. In Rückenmarks- oder Vollnarkose wird der Analkanal und Schließmuskelapparat vorsichtig aufgedehnt und die chronische Fissur mit ihren Anhangsgebilden (entzündlich-narbig verändertes Gewebe mit Fistel, Vorpostenfalte und hypertropher Analpapille) ausgeschnitten. Es resultiert eine frische, offene Wunde am After, die meist gut abheilt, wenn die Wundpflege konsequent durchgeführt wird.