Durch entzündliche Veränderungen im Bereich der Afterdrüsen (Krypten) kann es zu einer abgekapselten eitrigen Entzündung (Abszess) kommen. Dies kann zu einer schmerzhaften Schwellung am Afterrand führen, seltener zu Schmerzen in der Tiefe, ohne dass dann äußerlich eine Schwellung oder Rötung auszumachen ist. Ein Abszess muss operativ eröffnet werden, damit der Eiter abfließen kann. Salben („Zugsalbe“) sowie Antibiotika sind meist wirkungslos und verzögern die richtige Therapie. Wird der Abszess nicht fachgerecht gespalten, platzt er spontan. Häufig liegt einem Analabszess eine Analfistel zu Grunde. Findet man diese während der Operation und es handelt sich um eine unkomplizierte oberflächliche Fistel, wird sie mit beseitigt. Eine Analfistel ist ein dünner Gang zwischen dem analen Kanal und der Körperoberfläche. Bei komplizierten Fisteln, welche höher im Schließmuskel verlaufen, ist es notwendig, zunächst eine sogenannte Fadendrainage einzulegen um die akute Entzündung abklingen zu lassen. In einer weiteren Operation nach ca. 6-8 Wochen wird diese entzündungsfreie, durch den Faden drainierte Fistel, definitiv versorgt. Sehr selten verbleiben die Fadendrainagen auch über einen längeren Zeitraum. Wird die Analfistel nicht saniert, tritt immer Sekret (Eiter und/oder Blut) aus der äußeren Fistelöffnung aus. Wenn sich ein Häutchen über den äußeren Fistelgang legt, kommt es erneut zu einer Abszessbildung. Wird die Fistel nicht saniert und der Abszess nur gespalten, kann ein Abszess jederzeit wieder auftreten. Durch jeden weiteren Abszess können umfangreiche Schäden am Schließmuskelapparat entstehen.